Ignacio Agüero nació en Santiago de Chile en 1952. Tiene estudios de arquitectura y cine en la Universidad Católica de Chile y muchas veces se reconoce en sus películas la importancia del espacio debido a esa formación. Realizó su primera película, el cortometraje No olvidar, de forma semiclandestina, sobre una matanza de campesinos por la policía de Pinochet. Después vinieron los documentales Como me da la gana (1985), una especie de encuesta a pie de rodaje sobre por qué y para qué hacemos películas con sus compañeros cineastas chilenos, y Cien niños esperando un tren (1988) sobre cómo transmitir la magia del cine a los niños de la mano de las clases de la profesora Alicia Vega. Este último obtiene el gran premio en el festival de La Habana en 1988. Ese mismo año es uno de los directores de La Franja del No, programa de televisión de 15 minutos durante 30 días que contribuyó a la derrota de la dictadura de Pinochet, campaña que hoy ha inmortalizado Pablo Larraín en su exitosa película No (2012). Ya en la etapa de la democracia realiza otros documentales independientes como Sueños de hielo (1993) donde narra el viaje de un gran bloque de hielo que Chile transportó desde la Antártida para ser exhibido en la expo de Sevilla. Con este filme obtuvo el gran premio en el festival de Mannhein-Heidelberg.
Ha sido presidente de la Asociación de documentalistas de Chile; jurado en festivales internacionales; productor y director de telefilms, actor secundario de numerosas películas chilenas y actor principal en dos films de Raúl Ruiz. Es profesor de cine en la Universidad de Chile, donde coordina la maestría en cine documental. Su penúltimo film, El diario de Agustín (2008), sobre la implicación y la impunidad del periódico El Mercurio en los años de la dictadura ha sido censurado por la televisión nacional de Chile, aunque se ha exhibido en casi todas las televisiones públicas de Iberoamérica. Su última película, El otro día (2012), un filme como el propio Agüero define: “sobre la gente que toca el timbre de mi casa”, ha sido ganadora del premio iberoamericano en Guadalajara y recientemente premiada en Japón, en el festival de Yamagata.